نمونه‌های فایل job-script - کلاستر صالحی

§ Quantum ESPRESSO

نمونه دستورات job-script.sh را برای نرم افزار محاسباتی کوانتوم اسپرسو در اینجا توضیح می‌دهیم. فایل job-script.sh شامل دستورات زیر است:

#!/bin/bash

#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 16
#SBATCH -o Job.out

source /opt/SetVars/Intel.sh
source /opt/SetVars/QE.sh

mpiexec -n 16 pw.x < INPUT > OUTPUT

آنچه شما در این فایل مشاهده می کنید نحوه ی تخصیص منابع کلاستر به برنامه ی شماست. تنها کاری که می بایست انجام دهید، دستور ران برنامه ی خود را با دستوری که در خط:

mpiexec -n 16 pw.x < INPUT > OUTPUT

نوشته شده جایگزین کنید. به جای فایل INPUT نام فایل ورودی خودتان و به جای OUTPUT نام فایل خروجی خود را قرار دهید. به علاوه تعداد هسته های پردازشی ای که برای انجام این محاسبه لازم دارید را به جای عدد 16 قرار دهید.

§ MATLAB

نمونه دستورات job-script.sh را برای نرم افزار محاسباتی کوانتوم اسپرسو در اینجا توضیح می‌دهیم. فایل job-script.sh شامل دستورات زیر است:

#!/bin/bash

#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 16
#SBATCH -o Job.out

source /opt/SetVars/MATLAB.sh

matlab -nodesktop -nosplash < INPUT.m > OUTPUT

آنچه شما در این فایل مشاهده می کنید نحوه ی تخصیص منابع کلاستر به برنامه ی شماست. تنها کاری که می بایست انجام دهید، دستور ران برنامه ی خود را با دستوری که در خط:

matlab -nodesktop -nosplash < INPUT.m > OUTPUT

نوشته شده جایگزین کنید. به جای فایل INPUT.m نام فایل ورودی خودتان و به جای OUTPUT نام فایل خروجی خود را قرار دهید. به علاوه تعداد هسته های پردازشی ای که برای انجام این محاسبه لازم دارید را به جای عدد 16 قرار دهید.

توجه ۱: حداکثر تعداد هسته های هر گره محاسباتی 16 هسته می باشد، بنابراین از درج عددی بالاتر از 16 خودداری نمایید.

دلیل نکته ۱ آن است که کلاستر شاهرود متاسفانه به سامانه پرسرعت ارتباطات داخل بین گره‌ها مجهز نیست؛ در تست‌های ما نتیجه خوبی حاصل از موازی سازی بین گرها حاصل نشد، بنابراین تصمیم گرفتیم از این تکنولوژی استفاده نکنیم.

توجه ۲: حداکثر زمان اجرای یکی برنامه 10 روز می باشد و اگر اجرای برنامه ای به این مدت زمان برسد اجرای آن بصورت خودکار توسط سیستم متوقف خواهد شد.